治疗呼吸机医疗器械临床试验中可能存在的伦理问题主要包括以下几个方面：

1. 受试者的知情同意：受试者有权知道他们正在参与的临床试验的所有相关信息，包括试验的目的、可能的益处和风险、试验的流程等。如果受试者不能理解这些信息，就需要他们的法定代理人代替他们做出决定。然而，有时可能存在代理签署的知情同意书无法保护受试者的知情同意权的问题[1]。

2. 受试者的权益保护：临床试验应始终把受试者的权益放在首先位，包括他们的生命安全、身体健康、隐私权等。如果试验方案设计不合理，可能会增加受试者的伤害[1]。

3. 试验的科学性：临床试验的设计和执行应遵循科学的原则，以试验结果的可靠性和有效性。如果因为操作问题导致临床试验无法进行科学评价，也是一个重要的伦理问题[1]。

4. 试验的公正性：临床试验的结果不应受到任何形式的偏见影响，包括商业利益、个人偏好等。因此，所有的试验决策都应在公开透明的环境中进行，以试验的公正性。

5. 试验的合规性：临床试验应严格遵守相关的法律、法规和伦理规范，以试验的合规性。如果违反了这些规定，就可能产生严重的伦理问题。

以上就是治疗呼吸机医疗器械临床试验中可能存在的伦理问题，需要临床试验的相关人员在实践中充分注意和避免这些问题[1][2][4]。