核酸分析仪申请美国FDA注册的流程如下：

准备申请材料：申请方需要整理相关材料，包括产品相关文件、产品注册证明、技术说明书、性能测试报告等，这些材料应尽可能详细地描述产品的功能、设计和性能特征。

选择适用的认证类别：根据核酸分析仪的功能和用途，选择适用的认证类别。FDA的医疗器械认证类别主要包括I、II和III类，其中III类是高风险的类别。

编制申请文件：根据FDA的要求，申请方需要准备详细的申请文件，包括产品的技术规范、性能验证报告、临床试验报告等。在编制申请文件过程中，申请方需要保障文件的准确性和完整性。

提交申请文件：通过FDA的网站提交申请文件，并支付相关费用。一旦申请文件提交成功，FDA将进行初步审核。

申请审核：在初步审核阶段，FDA将对申请文件进行详细审查。如果发现问题，FDA可能会要求申请方提供补充材料或进行进一步的测试。此外，根据申请文件的要求，FDA可能要求申请方进行临床试验。临床试验是评估产品的安全性和有效性的重要环节，申请方需要按照FDA的规定进行试验，并提交相关试验报告。审核结束后，FDA将发出审核意见。审核意见可能包括对申请文件的进一步要求或建议，申请方需要按照要求进行补充，并重新提交申请文件。

审批和上市：如果FDA认可设备的安全性和有效性，并且申请符合要求，FDA将批准设备的市场许可，并核发设备的注册证书，使其可以在美国市场上销售和使用。

至于核酸分析仪申请美国FDA注册的费用，抱歉目前无法提供具体数额。因为这取决于多种因素，如设备的风险等级、预期用途等，这些因素将影响FDA对设备的分类和所需的审批程序。不同的审批程序会有不同的费用。建议直接咨询FDA获取具体的费用信息。

以上信息仅供参考，建议在正式提交申请前与的医疗设备咨询合作，以遵循正确的注册步骤和满足要求。