对于核酸分析仪申请美国FDA注册，需要准备一系列的质量管理手册和程序文件。这些文件旨在产品的安全性和有效性，并符合FDA的法规要求。

以下是可能需要的质量管理手册和程序文件的一些例子：

质量手册：这是一份概述质量管理体系的文件，包括质量方针、质量目标、组织结构、岗位职责、质量管理体系的范围和程序等。

程序文件：这些文件描述了如何执行质量管理体系中的各个过程，包括设备校准、维护、维修、检验、测试、审核等。

操作规程：这些文件提供了具体的操作步骤和技术，以设备的正确使用和操作。

检验规程：这些文件规定了产品的检验、测试和审核的标准、方法和程序。

记录文件：这些文件记录了产品质量管理体系的运行情况，包括检验、测试、审核的记录，以及设备和产品的追踪记录等。

培训计划：这些文件规定了员工的培训要求和计划，以他们具备执行质量管理体系所需的知识和技能。

不合格品控制程序：这些文件规定了不合格品的标识、评审、处置和预防措施等。

纠正和预防措施程序：这些文件规定了如何采取纠正和预防措施，以消除产品不合格的原因并防止类似问题的再次发生。

变更控制程序：这些文件规定了变更管理的程序，以设备的变更符合FDA的要求并经过批准。

风险评估和控制程序：这些文件规定了如何进行风险评估和控制，以产品的安全性和有效性。

需要注意的是，以上列举的文件仅为示例，具体需要哪些文件还需要根据产品的特性和FDA的要求来确定。同时，这些文件需要与质量管理体系协调一致，以质量管理体系的有效运行。