如果你的电动吻合器医疗器械在墨西哥注册过程中被判定为不合格，你需要采取以下措施：

1. 分析原因：首先，你需要找出产品不合格的原因。这可能涉及到产品质量、生产过程、设计缺陷或其他问题。

2. 改进产品：一旦找到问题所在，你需要立即改进产品，使其满足墨西哥的注册要求。这可能需要修改产品设计、改进生产工艺、加强质量控制等。

3. 重新测试和评估：改进后的产品需要重新进行测试和评估，以其符合所有相关的安全和性能标准。

4. 重新提交注册申请：只有当产品通过了所有的测试和评估，你才能重新向COFEPRIS提交注册申请。

5. 接受监管的审查：COFEPRIS会对你的新注册申请进行审查，如果产品现在符合所有要求，他们将授予注册证书。

6. 持续监控和改进：即使产品已经成功注册，你也应该继续监控其性能，并进行必要的改进，以始终符合墨西哥的法规和标准。

在整个过程中，你应该保持与COFEPRIS和其他相关方的沟通，以便及时了解他们的反馈和建议。同时，也可以考虑聘请的注册顾问或律师，他们可以为你提供的指导和支持[2][3]。