香港和内地的医疗器械注册程序在多个方面存在差异。

1. 申请资格：在香港，只有注册的药剂师、医生或合格的医疗可以在香港注册医疗器械。而在内地，医疗器械的注册可能涉及到多个，例如国家药品监督管理局（NMPA）等[1]。

2. 申请准备：在香港，需要准备的文件包括医疗器械的详细说明、制造和质量控制程序、疗效和安全性数据等。而在内地，申请者需要提交的材料可能包括产品技术文件、质量管理体系文件、标签和说明书等[1]。

3. 注册申请：在香港，需要向香港卫生署提交医疗器械注册申请。而在内地，申请者需要向国家药品监督管理局提交注册申请，经过技术审评和行政审批等程序后，才能获得医疗器械注册证[1]。

4. 遵守法规：在香港，申请人必须遵守相关的法规和标准，包括香港医疗器械条例和其他相关法规。而在内地，医疗器械的注册需要遵守《医疗器械监督管理条例》和《医疗器械注册管理办法》等法规[1]。

总的来说，香港和内地的医疗器械注册程序在申请资格、申请准备、注册申请和遵守法规等方面存在差异。具体要求可以查阅两地相关的政策法规或咨询人士[1]。