香港注册三分类血细胞分析仪医疗器械与内地注册的主要区别在于法规体系、审批流程、监管要求等方面。

法规体系方面，香港采用的是较为宽松的自由贸易政策，对医疗器械的监管相对较轻，而内地则有着更为严格的医疗器械监管体系。例如，内地实行医疗器械分类管理制度，根据产品的风险等级分为一类、二类和三类，而香港则没有明确的分类管理制度。

审批流程方面，香港注册三分类血细胞分析仪医疗器械相对简单快捷。申请人只需提交必要的文件和资料，如产品说明书、性能评估报告等，经过香港卫生署的审核批准即可获得注册证书。而内地注册则需要经过更为复杂的审批流程，包括临床评价、生产现场核查等多个环节，且时间周期相对较长。

监管要求方面，内地对医疗器械的生产、经营和使用等方面有着更为严格的监管要求。例如，在内地生产医疗器械需要取得医疗器械生产许可证，而在香港则没有类似的要求。此外，内地还规定医疗器械必须通过建议的检测进行检测认证，而香港则没有明确的规定。

总的来说，香港注册三分类血细胞分析仪医疗器械与内地注册的主要区别在于法规体系、审批流程和监管要求等方面。申请人需要根据具体情况选择适合的注册路径，并严格遵守相关法规和要求。