是的，申请加拿大医疗器械销售许可证（MDEL）的公司必须是在加拿大注册的公司。这意味着公司必须在加拿大有合法的商业存在，并且能够提供有效的商业登记证明。此外，公司还必须具备在加拿大境内进行医疗器械相关业务活动的合法资格，包括但不限于生产、销售、分销或维修医疗器械。