如果墨西哥人工心肺机医疗器械注册不合格，需要进行相应的处理。具体的处理方式可能因产品不合格的原因和程度而有所不同，但以下是一些常见的处理措施：

1. 退回工厂：如果产品不合格是因为生产过程中的问题，可以将产品退回工厂进行修复或重新加工。在退回产品之前，需要与COFEPRIS进行沟通，并退回产品的程序符合相关法规和规定。

2. 召回：如果产品存在安全风险或不符合墨西哥的医疗器械法规，需要进行召回。召回的程序需要按照墨西哥的相关法规进行，并需要向COFEPRIS报告。召回的具体措施可能包括通知医疗停止使用该产品、从市场上撤回该产品等。

3. 销毁：如果产品无法修复或召回，需要进行销毁。销毁的程序需要符合墨西哥的相关法规和规定，并需要进行记录和报告。

4. 通知COFEPRIS：如果发现产品不合格，需要及时通知COFEPRIS，并向其提供相关的信息和资料。COFEPRIS将对不合格产品进行调查，并根据情况进行相应的处理。

需要注意的是，处理不合格的人工心肺机医疗器械需要遵守墨西哥的相关法规和规定，处理的程序合法、安全、有效。同时，也需要与COFEPRIS保持密切联系，及时了解处理结果并采取相应的措施。

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