手术控制系统医疗器械临床试验的流程大致包括以下步骤：

1. 申办者确定临床试验中心：申办者需要根据手术控制系统医疗器械的特点、预期用途、适应症等选择合适的临床试验中心，并与这些中心进行洽谈，确定是否可以承接临床试验项目。

2. 伦理委员会的批准：在临床试验开始前，需要向伦理委员会提交相关材料，包括临床试验方案、研究者手册、知情同意书等，以获得伦理委员会的批准。

3. 临床试验启动会：在伦理委员会批准后，需要召开临床试验启动会，让所有参与研究的人员熟悉并理解临床试验方案，明确各自的职责和任务。

4. 受试者筛选和入组：根据临床试验方案的要求，筛选合适的受试者，并签署知情同意书，然后按照入组顺序进行编号。

5. 实施临床试验：在研究小组的指导下，按照试验方案、相关SOP及GCP等法规，实施临床试验。在试验过程中，需要定期或不定期进行质量控制，试验的质量和安全性。

6. 试验数据的收集和处理：在临床试验过程中，需要收集和处理各种试验数据，包括受试者的基本信息、试验过程中的各种指标和结果等。

7. 紧急中止和破盲：在试验过程中，如果发生严重不良事件，需要及时中止试验，并进行破盲。破盲前需要通知申办方、监查方、伦理委员会和管理人员，并详细记录破盲原因和救治过程。

8. 试验总结和报告：在临床试验结束后，需要进行总结，包括终点监查、伦理审查、项目完成情况、不良事件和严重不良事件等。然后编写临床试验报告，提交给申办者和监管。

以上就是手术控制系统医疗器械临床试验的基本流程。在实际操作中，可能还需要根据具体的情况和法规要求进行适当的调整。