医疗器械手术控制系统临床试验与同类产品比对的异同主要体现在以下几个方面：

1. 试验目的：无论是手术控制系统医疗器械还是同类产品，临床试验的主要目的都是评估产品的安全性和有效性。然而，与同类产品比对时，可能更侧重于比较不同产品之间的性能、效果等方面的差异。

2. 试验设计：手术控制系统医疗器械的临床试验设计可能因产品特性和预期用途而异。与同类产品比对时，可能需要设计更为复杂的试验方案，以充分比较不同产品之间的优劣。

3. 数据来源和相关性：手术控制系统医疗器械的临床试验数据主要来源于自身产品的实际使用情况和效果。而与同类产品比对时，除了考虑自身产品的数据外，还需要收集和分析同类产品的相关数据，以便进行更为全面的比较。

4. 评价标准：手术控制系统医疗器械的临床试验评价标准通常基于产品的性能、安全性、有效性等方面。与同类产品比对时，可能需要制定更为详细和具体的评价标准，以便更准确地评估不同产品之间的差异。

总的来说，医疗器械手术控制系统临床试验与同类产品比对的异同主要体现在试验目的、试验设计、数据来源和相关性以及评价标准等方面。这些差异使得我们可以更全面地评估手术控制系统医疗器械的性能和效果，以及与其他同类产品之间的优劣。