在墨西哥，如果碎石机医疗器械的注册申请不合格，通常会收到COFEPRIS的反馈，指出哪些方面不满足要求。以下是处理不合格注册申请的步骤：

分析反馈：仔细分析COFEPRIS提供的反馈意见，确定哪些具体要求未被满足。

准备补充材料：根据反馈意见，准备必要的补充材料或修改现有材料，以解决存在的问题。这可能包括提供额外的技术数据、改进设计文档或提供更详细的临床评价报告。

提交补充材料：通过COFEPRIS的在线系统或建议方式提交补充材料，并所有文件都符合规定的格式和要求。

等待再次评审：COFEPRIS将对提交的补充材料进行重新评审。在此期间，保持与COFEPRIS的沟通，以便及时回应任何进一步的要求或疑问。

处理结果：如果补充材料被接受，注册申请将继续进行；如果仍不符合要求，可能需要再次进行修订或提供更多信息。

避免类似问题：在未来的注册申请中，遵循COFEPRIS的所有指导原则和要求，以减少再次出现不合格情况的风险。

考虑帮助：如果遇到复杂问题或不确定如何解决特定要求，考虑聘请具有墨西哥医疗器械注册经验的人士或律师提供协助。

请注意，以上步骤是基于一般情况下的处理流程，具体操作可能需要根据COFEPRIS的实际要求和当前的法规进行调整。始终建议与COFEPRIS保持密切沟通，并遵循其提供的较新指导和建议。